Ngày 8/12/1994, Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ 3 Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam (1994 – 1999) được triệu tập tại Hà Nội. Đó là sự kiện có ý nghĩa quan trọng đánh dấu sự lớn mạnh trong quá trình xây dựng và phát triển Hội. Đồng chí Tổng Bí thư Đỗ mười đến dự và huấn thị tại Đại hội: “Thanh niên có phát triển thì dân tộc mới trường tồn”.

Từ ngày 13 – 15/1/2000, Đại hội đại biểu Hội LHTN Việt Nam lần thứ IV được tiến hành tại Hà Nội với 599 đại biểu. Đại hội đã xác định chủ đề: “Đoàn kết, học tập, lao động, sáng tạo vượt bậc là ý chí, là sức mạnh của thanh niên Việt Nam tiến bước vào kỷ nguyên mới”. Đại hội đã đề ra mục tiêu:

Từ ngày 25/27/2/2005, Đại hội đại biểu toàn quốc Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam lần thứ V (2005 – 2010) đã được triệu tập tại thủ đô Hà Nội với 800 đại biểu tham dự. Đại hội đã hiệu thương chọn cử Ủy ban Trung ương Hội LHTN Việt Nam khoá V gồm 135 anh, chị. Anh Nông Quốc Tuấn – Bí thư Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh được hiệp thương chọn cử giữ chức vụ Chủ tịch.